Ghemical

Ghemical - дуже потужний програмний пакет для хімії з чудовим графічним користувацьким GTK+ інтерфейсом з підтримкою OpenGL, та різноманітними моделями розрахунку, вивчення та представлення даних.

Вступ

Деякі можливості Ghemical:

  • Обчислення енергій та градієнтів з використанням:

    • Методів Квантової Механіки
    • метод Ab Initio засобами MPQC
    • метод Semi-Empirical засобами MOPAC7
    • Методів Молекулярної Механіки
    • метод all-atom MM (Tripos 5.2 + інші)
    • coarse-grained MM для молекул білків
    • опціонально розрахунок відстаней можна додати в розрахунок методом MM
  • Вивчення молекулярних систем з допомогою:

    • Геометричної оптимізації
    • Молекулярної динаміки
    • Пошукових систем:

      • випадковий пошук
      • систематизований пошук
      • пошук методом Monte Carlo
    • Інші опції для методу QM:

      • пошук стаціонарних станів
      • пошук транзитивних станів
      • аналіз популяцій
  • Інтерфейс до зовнішніх програм:

  • Імпорт та експорт в найрізноманітніші хімічні формати даних з допомогою OpenBabel.

  • Представлення графічних даних з допомогою OpenGL:

    • Представлення молекулярних структур методами:

      • Кульок та зв'язків
      • Вандервальсу
      • Целіндрів
      • Каркас зв'язків
    • Інструментарій для редагування молекул:

      • додавання та видалення атомів і зв'язків
      • автоматичне додавання та видалення атомів Водню
      • побудова послідовностей та ідентифікацій:

        • білкові послідовності
        • послідовності нуклеїнових кислот
    • Інструментарій для вимірювання:

      • відстаней
      • кутів
      • параметрів тора
    • Опції візуалізації

      • кольорові плани
      • кольорові поверхні
      • змінних розмірів
      • білкові моделі ribbon
    • Опції інтерактивної графіки:

      • графічний вивід енергії vs. торизації
      • графічний вивід енергії vs. 2 торизації
      • графічний вивід діаграми рівнів енергій
      • графічний вивід координат
  • Перегляд редагування моделів та пов'язаної інформації.

  • Текстове вікно для форматованого текстового виводу і журналізації та текстовим командним рядком.
  • Калькулятор Молекулярних Мас.
  • Перегляд файлів MD траекторій.