Дуже дратуюча особливість Linux яка час від часу проявляє себе в різних дистрибутивах і в різних версіях ядра і полягає в тому що при копіюванні більш-менш великих файлів (гігабайт і більше) на зовнішні USB пристрої, HDD і навіть в межах одного HDD ОС перестає реагувати на дії користувача, дані копіюються вкрай повільно, все завмирає і завантаженість CPU зростає до 100%. На даний момент мені допомогло відключення transparent_hugepage такою командою:

echo "never" > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled

Завантаженість ЦП все одно знаходиться в межах 50% — 100%, але з системою хоч можна нормально працювати. Також тут побачив що можна спробувати ще отаке:

echo 'never' > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag
echo 'no' > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag

Copy data to USB stick - System Lag

khugepaged: gets stuck when writing to USB flash, 2.6.38-rc2