Ghemical

Ghemical - дуже потужний програмний пакет для хімії з чудовим графічним користувацьким GTK+ інтерфейсом з підтримкою OpenGL, та різноманітними моделями розрахунку, вивчення та представлення даних.

Вступ

Деякі можливості Ghemical:

Обчислення енергій та градієнтів з використанням:
- Методів Квантової Механіки
- метод Ab Initio засобами MPQC
- метод Semi-Empirical засобами MOPAC7
- Методів Молекулярної Механіки
- метод all-atom MM (Tripos 5.2 + інші)
- coarse-grained MM для молекул білків
- опціонально розрахунок відстаней можна додати в розрахунок методом MM
Вивчення молекулярних систем з допомогою:
- Геометричної оптимізації
- Молекулярної динаміки
- Пошукових систем:
  - випадковий пошук
  - систематизований пошук
  - пошук методом Monte Carlo
- Інші опції для методу QM:
  - пошук стаціонарних станів
  - пошук транзитивних станів
  - аналіз популяцій
Інтерфейс до зовнішніх програм:
- GAMESS.
Імпорт та експорт в найрізноманітніші хімічні формати даних з допомогою OpenBabel.
Представлення графічних даних з допомогою OpenGL:
- Представлення молекулярних структур методами:
  - Кульок та зв'язків
  - Вандервальсу
  - Целіндрів
  - Каркас зв'язків
- Інструментарій для редагування молекул:
  - додавання та видалення атомів і зв'язків
  - автоматичне додавання та видалення атомів Водню
  - побудова послідовностей та ідентифікацій:
    - білкові послідовності
    - послідовності нуклеїнових кислот
- Інструментарій для вимірювання:
  - відстаней
  - кутів
  - параметрів тора
- Опції візуалізації
  - кольорові плани
  - кольорові поверхні
  - змінних розмірів
  - білкові моделі ribbon
- Опції інтерактивної графіки:
  - графічний вивід енергії vs. торизації
  - графічний вивід енергії vs. 2 торизації
  - графічний вивід діаграми рівнів енергій
  - графічний вивід координат
Перегляд редагування моделів та пов'язаної інформації.
Текстове вікно для форматованого текстового виводу і журналізації та текстовим командним рядком.
Калькулятор Молекулярних Мас.
Перегляд файлів MD траекторій.