Матеріал з docs.linux.org.ua — збірника документації з Unix/Linux українською мовою.

Вступ

Деякі можливості Ghemical:

• Обчислення енергій та градієнтів з використанням:
  • Методів Квантової Механіки
    • метод Ab Initio засобами MPQC
    • метод Semi-Empirical засобами MOPAC7
  • Методів Молекулярної Механіки
    • метод all-atom MM (Tripos 5.2 + інші)
    • coarse-grained MM для молекул білків
    • опціонально розрахунок відстаней можна додати в розрахунок методом MM
• Вивчення молекулярних систем з допомогою:
  • Геометричної оптимізації
  • Молекулярної динаміки
  • Пошукових систем:
    • випадковий пошук
    • систематизований пошук
    • пошук методом Monte Carlo
  • Інші опції для методу QM:
    • пошук стаціонарних станів
    • пошук транзитивних станів
    • аналіз популяцій
• Інтерфейс до зовнішніх програм:
  • GAMESS.
• Імпорт та експорт в найрізноманітніші хімічні формати даних з допомогою OpenBabel.
• Представлення графічних даних з допомогою OpenGL:
  • Представлення молекулярних структур методами:
    • Кульок та зв'язків
    • Вандервальсу
    • Целіндрів
    • Каркас зв'язків
  • Інструментарій для редагування молекул:
    • додавання та видалення атомів і зв'язків
    • автоматичне додавання та видалення атомів Водню
    • побудова послідовностей та ідентифікацій:
      • білкові послідовності
      • послідовності нуклеїнових кислот
  • Інструментарій для вимірювання:
    • відстаней
    • кутів
    • параметрів тора
  • Опції візуалізації
    • кольорові плани
    • кольорові поверхні
    • змінних розмірів
    • білкові моделі ribbon
  • Опції інтерактивної графіки:
    • графічний вивід енергії vs. торизації
    • графічний вивід енергії vs. 2 торизації
    • графічний вивід діаграми рівнів енергій
    • графічний вивід координат
• Перегляд редагування моделів та пов'язаної інформації.
• Текстове вікно для форматованого текстового виводу і журналізації та текстовим командним рядком.
• Калькулятор Молекулярних Мас.
• Перегляд файлів MD траекторій.